Az 1. évad fináléjában Joel és Ellie végre megérkeztek a Tűzbogarak táborba, ahová egész évadban tartottak, hogy a lázadók kutathassák Ellie immunitását a Cordyceps fertőzéssel szemben, és megpróbáljanak kifejleszteni egy ellenszert. Sajnos kiderül, hogy Ellie-t meg akarják ölni, hogy tömegesen előállíthassák a gyógymódot, mivel a fertőzés az agyban él. Joel nem hajlandó hagyni, hogy megöljék barátját és kvázi örökbefogadott lányát, ezért öntudatlan állapotban kiszökteti Ellie-t a létesítményből, és megöli a Tűzbogarak vezetőjét, Marlene-t (Merle Dandridge). Ellie, amikor felébred, nem tudja pontosan mi történt vele, azonban érzi, hogy valami nincs rendben.
Joel hazudik Ellie-nek, és azt mondja neki, hogy a Tűzbogarak lemondtak a gyógymód kereséséről, mert nem találtak semmit, ami segíthetne. Azt állítja, hogy több másik immunis személy is volt, de egyikük esetében sem sikerült gyógymódot kifejleszteni. Amikor Ellie megkéri Joelt, hogy esküdjön meg, hogy amit mondott, az igaz, Joel határozottan megerősíti a hazugságot. A lány pillanatnyi tétovázás után elfogadja Joel válaszát, de a jelenet érzelmi feszültsége arra utal, hogy valószínűleg sejt valamit az igazságról, még ha nem is kérdőjelezi meg nyíltan Joel szavait.
Anélkül, hogy túl sokat spoilereznénk, a 2. évad azt fogja bemutatni, hogyan küzd meg Joel az 1. évad végén elkövetett tettei következményeivel, a játék pedig a gyűlölet és a bosszú témáit is érinti. A játék második részében egy öt évnyi időugrás történik, ami valószínűleg a sorozatban is megjelenik, de a játék még mindig tartalmaz visszaemlékező jeleneteket az eltelt évek eseményeiből. Bár néhány játékrajongó aggodalmát fejezte ki amiatt, hogy Ramsey túl fiatal lehet Ellie eljátszásához az időugrás után, Mazin már biztosította a nézőket arról, hogy Ramsey folytatja a szerepet. Mazin és Druckmann a sorozat és a játék közötti különbségekről is beszélt, nevezetesen arról, hogy néhány játékrajongót csalódottság ért, mert az 1. évadban nem volt annyi „Fertőzött”.
A Variety szerint a páros egy virtuális sajtótájékoztatón elmagyarázta, hogy inkább a karakterek közötti kapcsolatok építésére koncentráltak, mint a játék szintű akcióra, és Druckmann megjegyezte, hogy ha egy akciójelenet „nem fejlesztette a karaktert, és csak a látványért volt benne, akkor könnyű volt számunkra kihagyni.” Mazin azt is elmondta, hogy a 2. évad nem fog teljesen megegyezni a forrásként szolgáló játékkal. ”„Nagyon is lehetséges, hogy később sokkal több Fertőzött jelenik meg. És talán különböző fajták is” - utalt rá. „Bemutatunk dolgokat, de ezek másképp lesznek, ahogyan ez az évad is más volt. Néha radikálisan különbözni fog, néha alig lesz eltérés, de más lesz. Ez a sorozat saját alkotás. Nem lesz pontosan olyan, mint a játék. Ez az a műsor lesz, amit Neil és én szeretnénk elkészíteni.”
