Annak ellenére, hogy Baker 1923-ban visszavonult a Gyermekhigiéniai Osztály éléről, munkája nem ért véget. Több száz folyóirat- és újságcikk-publikációt tett közzé a közegészségügyről, valamint öt könyvet a gyermekek egészségéről és higiéniájáról nem szakértők számára. Megalapította az Amerikai Gyermekek Higiénés Egyesületét és a Női Orvosi Szövetséget is.
Baker életének utolsó éveit New Jersey-ben egy farmon töltötte élettársa, a regényíró és forgatókönyvíró, Ida Wylie, valamint barátjuk, az orvos Louise Pearce társaságában. Rákban halt meg 1945-ben.
