Semmelweis Ignác az anyák megmentője, ám intelmeit, majd a baktériumok mibenlétét és jelentőségét később is sokan hitetlenkedve fogadták. Az egészségügy csak nagyon lassan változott, ez pedig emberéleteket követelt. Így történhetett, hogy egyetlen közegészségügyi tisztviselő, aki a változásokért harcolt, tízezreket mentett meg a biztos haláltól.
A „öngyilkossági osztály” – így nevezték New York City egészségügyi ellenőrei a 20. század fordulóján Manhattan keleti, külvárosi részét. Egyetlen négyzetméteren emberek ezrei zsúfolódtak össze, szegénység és a rossz higiéniai körülmények között pedig gyorsan felütötte a fejét a tífusz, a kanyaró, a vérhas és más fertőző betegségek.
Az eleve rossz körülményeket tovább tetézte a New York Városi Egészségügyi Osztály gondatlansága – senki sem törődött igazán a szegények lakta környékkel. 1908-ban, amikor Sara Josephine Baker lett az osztály első gyermekhigiéniai irodájának igazgatója – ez volt első ilyen jellegű osztály az országban – végre kezébe vette a dolgok rendezését. Az iroda támogatásával a bérlakások környékén tiszta tejállomásokat létesített, kiképzett ápolókat küldött a helyszínre és oktatni kezdte az anyákat a baktériumok természetéről és a gyermekhigiéniáról.
Ezekben az időkben a környéken a csecsemőhalandóság megdöbbentően és szégyenletesen magas volt ahhoz képest, hogy Amerika egy modern városáról beszélünk. New York városában a gyermekek egyharmada nem élte meg az öt éves kort és minden nyáron átlagosan 1500 csecsemő halt meg. A számok pedig még ennél is magasabbak lehettek. Amikor Baker elkezdte a munkáját, rájött, hogy az ellenőrök nem jelentenek minden beteg csecsemőt és vannak városrészek, amelyeket egészen egyszerűen nem is vizsgálnak.
Baker azonban eltökélte, hogy mindez változni fog: olyan helyekre juttatta el az egészségügyi szolgáltatásokat, ahová mások a lábukat sem tették be, és hitt benne, hogy a megfelelő eszközökkel és az ismeretekkel felvértezve az anyák képesek lesznek megvédeni a gyermekeiket.
Baker első igazgatói évének végére a városban a csecsemőhalandóság körülbelül 1200 halálesettel csökkent az előző évek adataihoz képest. Ennek a csökkenésnek pedig jelentős része annak köszönhető, hogy Baker komoly figyelmet fordított a szegények lakta, addig elhanyagolt bérlakások környékére.
Ma már különös belegondolni, hogy egy ilyen nagy hatású orvos nem is annyira szenvedélyből, mint kényszerből választotta a medicinát karrierjeként: miután előbb a bátyja, majd néhány hónappal később az apja is meghalt, Baker fogta a kicsinyke családi vagyont, és beiratkozott az egyetemre, hogy aztán orvosként pénzt kereshessen és eltarthassa magát, húgát és az édesanyját is. Pályája kezdetén azonban, amikor lakásokban segített világra újszülötteket, szembesült a zsúfoltsággal, a rossz általános és higiéniás körülményekkel, amelyekben a szegény családok éltek, és amelyekben újszülöttjeiket kényszerültek nevelni.
Gyakorlati ideje után azonnal jelentkezett a még mindig gyerekcipőben járó közegészségügyisekhez, ahol azonban hatalmas volt a fejetlenség, irreálisak az elvárások – óránként három iskolát kellett volna például végigvizsgálniuk beteg gyerekeket keresve – és a nemtörődömség. Baker azonban makacsul és elszántan végezte a dolgát, és jelentette a beteg gyerekek eseteit akkor is, amikor kollégái sokszor ki sem mentek a terepre, és csak leadták a jelentésüket azzal, hogy nincsenek beteg gyerekek.
Az adatok alapján gyorsan feltűnt, hogy Baker kerületeiben milyen magas a beteg gyermekek száma, ám úgy tűnik, egyetlen utcával arrébb már senki sem beteg – a egészségügyi vezetőknek ebből lett nyilvánvaló, hogy a többi tisztviselő nem végzi a munkáját, Baker viszont igen. A számokkal csaló alkalmazottakat elbocsátották, Bakert pedig előléptették. Innen került aztán a Gyermekhigiéniai Osztály igazgatói székébe.
E kinevezésével ő lett az első nő az országban, aki egy nagyobb önkormányzat kinevezett egészségügyi tisztviselőjeként szolgált.
Baker az egész városért felelt, de figyelme középpontjában a Hell’s Kitchen állt: a Manhattan nyugati részén található környék túlzsúfolt volt, nem volt megfelelő víz- és csatornarendszer, mindent belengett a gyárak füstje, a lakosok többsége pedig európai bevándorló volt, akik elveszettnek érezték magukat a nagyvárosban, és akiket a legtöbben menthetetlen esetként írtak le. Baker azonban bízott az anyákban, és ennek köszönhetően 1911-re a csecsemők halálozási aránya egész New York-ban 40%-kal csökkent. Tanácsai egyszerűek és követhetőek, a korban azonban forradalmiak voltak: szoptatást javasolt a baktériumokkal szennyezett tej elkerülése érdekében; azt javasolta, hogy a csecsemők nyáron hűvös, lélegző ruházatot kapjanak; ragaszkodott a gyakori fürdéshez; és megtanította az embereknek, hogy gondoskodjanak az otthonaik szellőztetéséről. A változások egyetlen nyár alatt elképesztően látványosak voltak.
Baker emellett állomásokat hozott létre, ahol az anyák például biztonságos, baktériummentes tejet, szükség esetén tápszert szerezhettek és az itteni egészségügyi dolgozókhoz kérdésekkel is fordulhattak, nagyjából úgy, mint manapság a védőnőhöz. Arról is gondoskodott, hogy elég képzett női egészségügyis legyen, mert tudta, hogy sok várandós nő szégyell férfi orvoshoz menni.
Baker tudta, hogy rengeteg anya kényszerül dolgozni, és ilyenkor a nagyobb lány gyerekekre bízzák a csecsemőket. Ezen változtatni nem tudott, viszont létrehozta a Kicsi Anyák Ligáját, ahol 12-16 éves lányoknak tanította meg, hogyan tudnak biztonságosan gondoskodni kisebb testvéreikről.
Ha pedig mindez nem lett volna elég, Baker rájött még egy nagyon fontos dologra: 1915-ben egy magukra hagyott csecsemők gondozására szakosodott kórház nyitott meg az irodája felügyelete alatt, és Baker figyelmét nem kerülte el, hogy a szakmailag kifogástalan gondozás ellenére is a csecsemők fele meghalt. Ekkor valami olyasmit tett, amitől szinte biztos sokaknak leesett az álla: a csecsemőket a biztosnak tűnő kórházi közegből kiemelve Lower East Side-i anyákhoz küldte, akik ekkor már Baker higiéniai előírásait követték.
A csecsemők halálozási aránya azonnal a felére csökkent – Baker pedig a világon elsőként bizonyította be tudományosan, hogy a csecsemőknek szeretetre és törődésre van szükségük, és hogy azt a világ összes medicinája sem helyettesítheti.
Nem meglepő módon természetesen akadtak olyanok is, akik nem voltak elragadtatva Baker munkájától, pláne attól, hogy azt egy nő végzi. A kevesebb beteg nő és gyermek ugyanis rosszabb üzletet jelentett a férfi orvosoknak. Egy petícióban, amiben a város polgármesterét az iroda feloszlatására kérik, és amit rengeteg brooklyni orvos írt alá, például ez áll: „Tönkretette az orvosi karriert azzal, hogy a gyerekeket egészségben tartja.” Amikor a polgármester ez ügyben megkereste, Baker válaszában azt írta neki: „Ez az első dicséret, amit a Gyermekhigiéniai Osztály létrehozása óta kaptam.”
Annak ellenére, hogy Baker 1923-ban visszavonult a Gyermekhigiéniai Osztály éléről, munkája nem ért véget. Több száz folyóirat- és újságcikk-publikációt tett közzé a közegészségügyről, valamint öt könyvet a gyermekek egészségéről és higiéniájáról nem szakértők számára. Megalapította az Amerikai Gyermekek Higiénés Egyesületét és a Női Orvosi Szövetséget is.
Baker életének utolsó éveit New Jersey-ben egy farmon töltötte élettársa, a regényíró és forgatókönyvíró, Ida Wylie, valamint barátjuk, az orvos Louise Pearce társaságában. Rákban halt meg 1945-ben.